A nem is olyan távoli jövőben az egyesült hálózatok a csillagokig nyulnak, elektronok cikáznak keresztül kasul a világegyetemben. A fejlett elektronika azonban még nem törölte el a nemzetek közötti különbségeket.

A technikai fejlettség arra a szintre került ahol már az emberi test tökéletesítése  elérhetővé vált. Főszereplőnk Motoko kusanagi is egy olyan ember akit a cyborg technológia segítségével egy Megatech nevű helyen teljesen átalakítoták és már nem is nevezhető igazán embernek.Kusanagi a Japán rendőrség keretein belűl, egy különleges egység tagja. Ez a 9-es szekció. Fő feladatuk a hálózat megfigyelése és a cyber-bűnözők elfogása.Kusanagi és társai egy különösen veszélyes hacker nyomába erednek akit csak Bábjátékosnak neveznek. A Bábjátékos onnan kapta a nevét hogy képes az emberek agyát átmosni és manipulálni ezálltal a saját céljaira felhasználni. Később azonban kiderül hogy a Bábjátékos valójábban nem is létezik hanem csak egy program amit azért fejlesztettek ki hogy a hálózaton keresztűl információkat szerezzen. A program fedőneve 2501. A bábjátékosnak azonban valahogy saját tudata lesz és csak egyetlen célja, bejutni a 9-es csoporthoz. Azonban nem csak a 9-es hanem a 6-os csoport is vadászik rá. A 6-os csoportnak sikerül a megatechnél egy cyborg testbe csalogatnia azzal a céllal hogy elszigeteljék. Ám mivel már saját tudattal rendelkezik megszökik és a 9-es csoporthoz kerül. Itt az a szándéka hogy kapcsolatba lépjen Kusanagival és felfedje az igazságot....