A nem is olyan t�voli j�v�ben az egyes�lt h�l�zatok a csillagokig nyulnak, elektronok cik�znak kereszt�l kasul a vil�gegyetemben. A fejlett elektronika azonban m�g nem t�r�lte el a nemzetek k�z�tti k�l�nbs�geket.

A technikai fejletts�g arra a szintre ker�lt ahol m�r az emberi test t�k�letes�t�se  el�rhet�v� v�lt. F�szerepl�nk Motoko kusanagi is egy olyan ember akit a cyborg technol�gia seg�ts�g�vel egy Megatech nev� helyen teljesen �talak�tot�k �s m�r nem is nevezhet� igaz�n embernek.Kusanagi a Jap�n rend�rs�g keretein bel�l, egy k�l�nleges egys�g tagja. Ez a 9-es szekci�. F� feladatuk a h�l�zat megfigyel�se �s a cyber-b�n�z�k elfog�sa.Kusanagi �s t�rsai egy k�l�n�sen vesz�lyes hacker nyom�ba erednek akit csak B�bj�t�kosnak neveznek. A B�bj�t�kos onnan kapta a nev�t hogy k�pes az emberek agy�t �tmosni �s manipul�lni ez�lltal a saj�t c�ljaira felhaszn�lni. K�s�bb azonban kider�l hogy a B�bj�t�kos val�j�bban nem is l�tezik hanem csak egy program amit az�rt fejlesztettek ki hogy a h�l�zaton kereszt�l inform�ci�kat szerezzen. A program fed�neve 2501. A b�bj�t�kosnak azonban valahogy saj�t tudata lesz �s csak egyetlen c�lja, bejutni a 9-es csoporthoz. Azonban nem csak a 9-es hanem a 6-os csoport is vad�szik r�. A 6-os csoportnak siker�l a megatechn�l egy cyborg testbe csalogatnia azzal a c�llal hogy elszigetelj�k. �m mivel m�r saj�t tudattal rendelkezik megsz�kik �s a 9-es csoporthoz ker�l. Itt az a sz�nd�ka hogy kapcsolatba l�pjen Kusanagival �s felfedje az igazs�got....